Företaget bildades i Nynäshamn 1970 och har sedan dess med egna fartyg bedrivit sjötransporter, hamnservice, bogsering, isbrytning, sjöassistans samt trafik med passagerarfartyg och taxibåt i Stockholms södra skärgård.
Inom verksamhetsområdet hamnservice utförs trossföring och förtöjning av stortankers och kryssingsfartyg som anlöper Nynäshamn samt underhåll och tillsyn av fyrar och sjömärkning. För hamnbogsering har företaget två fartyg och för övrig bogsering och isbrytning ytterligare tre.
Nynäs Sjötrafik AB är helägt dotterbolag till Gröna Bolaget AB som ägs av Ulf och Marcus Busch.